خواندن تصاویر MRI در متلب

[hooman]

سلام دوستان .
من یه فایل MRI با پسوند nii. دارم و میخوام توی متلب ببینمش . یه سری تولباکس هست که این کارو می کنه ولی نمیشه روی تصویر مانور داد .
میشه خواهش کنم اگه کسی میدونه قدم به قدم راهنمایی کنه که چیکار کنم .
البته با یه تولباکس وقتی فایل رو اجرا می کنم توی workspace یه فایل با ابعاد <256x162x256 double> که به ترتیب height و width و depth هستند ایجاد میشه که نمیشه بازش کرد و متلب اررو زیر رو میده
Cannot display summaries of variables with more than 524288 elements.
حالا من چطوری می تونم اینو ببینم
ممنون میشم اگه راهنماییم بفرمایید

[hess]

پاسخ : خواندن تصاویر MRI در متلب

سلام ..

یکی از بهترین تولباکس هایی که میتونید از اون استفاده کنید، تولباکس NIfTI هست که پکیج کامل اون رو میتونید از انتهای این پست دانلود کنید (+ دو فایل فوق العاده مفید به همراه توضیح و مثال + دو نمونه تصویر برای تست) .. تصاویر نمونه هم از ایـن آدرس میتونید دانلود کنید .. دقت کنید که تصاویر به فرمت gz هستن و لازم هست که در ابتدا اونها رو extract کنید با نرم افزاری مثل gzip .. در انتها هم یک مثال از نحوه ی خواندن و لود کردن تصویر در نرم افزار MATLAB .. موفق باشید ..

[hess]

پاسخ : خواندن تصاویر MRI در متلب

سلام ..

به دستورات زیر که در اونها از توابع تولباکس بالا استفاده شدن، دقت کنید ..

با اجرای دستورات بالا، 256 اسلایس (--عدد سومی که در آرایه ی سه بعدی Img اشاره شده--) رو که هر کدوم سایز 256*256 (--اعداد اول و دوم--) دارن رو در متغییر Img ذخیره میکنیم .. برای نمایش اسلایس 142 به عنوان مثال تصویر زیر رو به دست میاریم ..

برای اینکه تصور خیلی خوبی نسبت به اسلایس ها پیدا کنید، میتونید آرایه ی سه بعدی بالا رو با استفاده از تابع ضمیمه شده در انتهای این پست نمایش بدید .. با تغییر اسلایس ها، از 1 تا 256 میتونید تمامی 256 تصویر رو مشاهده و بررسی کنید .. برای پروسس اونها هم کافی هست اسلایس به اسلایس، تصاویر رو آنالیز کنید .. موفق باشید ..

[hooman]

پاسخ : خواندن تصاویر MRI در متلب

مرسی حسام جان . خیلی خوشحال شدم که پاسخ شما رو دیدم .
من این دو تا تولباکس رو داشتم و چند روز پیش بعد از سوال پرسیدن تونستم تصویر و ببینم و یه چیزایی در مورد کار با اون فهمیدم ولی
مشکل اصلی اینه که توی تولباکس Nifti توی محیط workspace ما چیزی نداریم و دسترسی مستقیم به تصویر برای پردازش های بعدی ندارم .
ولی باز مهمترین مشکل من اینه که میخوام از یکی از جهات مثلا از دید sagittal یا همون از کنار تصویر رو توی یک صفحه جدید ببینم .
فانکشن imshow3D فقط یک زاویه که در زیر براتون میزام رو نشون میده . حالا چطور میتونم مدیریت روی زاویه دید داشته باشم.



در صورتی که Nifti سه تا زاویه رو نشون میده که من میخوام تک تک اونا رو مثل پردازش تصاویری که قبلا انجام میدادیم توی workspace داشته بشم تا بعدا میخوام کارهای پردازشی مثل segmentation و این طور کارها رو یکی از جهات دید دلخواه انجام بدم

[hooman]

پاسخ : خواندن تصاویر MRI در متلب

این مشکل حل شد . :wow:

[mstone]

پاسخ : خواندن تصاویر MRI در متلب

سلام. من تولباکس nifti را به متلب اضافه کردم ولی نمی تونم تصویر با فرمت nii رو بخونم و با error مواجه می شم لطفا راهنمایی کنید

[رزیتارزیتا]

پاسخ : پاسخ : خواندن تصاویر MRI در متلب

این تولباکس موقع اکسترکن ارور میده . یک سری توابع توشون نیست مثل xform_nii

دلیل: ادغام دو پست برای جلوگیری از اسپم

دقیقا منم همینطور

[Mramzany]

پاسخ : خواندن تصاویر MRI در متلب

سلام لطفا راهنمایی میکنید چطور حل شد چون منم دقیقا همین مشکل رو دارم . ممنونم